Первый номер журнала «Полдень. XXI век» вышел в мае 2002 года. Главный редактор и основатель «Полдня» Борис Стругацкий изначально задумывал его как «толстый» литературный журнал, целиком посвященный отечественной фантастике. «Полдень. XXI век» издавался с периодичностью один раз в два месяца и объединял под своей обложкой фантастику и реализм, популярные жанры и серьезную прозу.
С мая 2007 года «Полдень. XXI век» стал альманахом и изменил формат, превратившись, по сути, в книжную серию, пополняемую ежемесячно. Сохранив верность художественно-литературным традициям, «Полдень» обзавелся новыми рубриками и получил возможность печатать с продолжением достаточно объемные произведения, которые раньше были для него не доступны. Формат и объем издания уменьшились, зато периодичность удвоилась.
Все произведения для журнала Борис Стругацкий отбирал исходя из собственного вкуса.
После его смерти издание журнала прекратилось.